恶性肿瘤

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CNS图表复现13使用inferCNV来 [复制链接]

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前言

CNS图表复现之旅前面我们已经进行了12讲,你可以点击图表复现话题回顾。如果你感兴趣也想加入交流群,自己去:你要的rmarkdown文献图表复现全套代码来了(单细胞)找到我们的拉群小助手哈。

我在CNS图表复现09—上皮细胞可以区分为恶性与否,简单演示了,第一次分群后选择上皮细胞后继续分群,第1,2,7,14,21,23,25是跨越病人的聚类情况,所以初步判定它们这些亚群是正常的上皮细胞。因为目前主流看法是每个病人的恶性肿瘤细胞都是没办法跨越病人进行聚类的。

但最常规做法是使用inferCNV算法可以区分细胞恶性与否。比如online29April的文章《Single-CellTranscriptomeAnalysisRevealsIntratumoralHeterogeneityinccRCC,whichResultsinDifferentClinicalOut

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