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前言
近几十年来，肿瘤免疫治疗显示出巨大的抗癌潜力，免疫系统被激活以靶向恶性肿瘤。肿瘤免疫治疗的临床结果取决于肿瘤特异性抗原的存在，这是基于T淋巴细胞肿瘤免疫治疗的核心。
通常，CD4+和CD8+T淋巴细胞表面的TCR分别识别主要组织相容性复合体（MHC）I和II类分子递呈的抗原（Ag）或表位。当MHC–Ag–TCR三级复合物作为识别信号与共刺激信号（CD28-CD80/CD86之间的相互作用）形成时，它们可以触发T细胞中的信号转导，然后破坏靶细胞。
肿瘤抗原有三种主要来源：肿瘤相关抗原（TAAs）、致癌病*衍生抗原和肿瘤特异性抗原（TSA、新抗原）。下表总结了三种肿瘤抗原的特征。
新抗原是一种来源于非同义突变的肿瘤特异性抗原，是肿瘤免疫治疗的非常有吸引力的靶点。由于下一代测序技术的发展和机器学习算法的应用，通过描述肿瘤组织内的遗传改变、异常转录后mRNA处理和异常mRNA翻译事件来计算预测新抗原已成为可能。因此，以新抗原为基础的疗法，如癌症疫苗，已在临床试验中得到广泛测试，并已证明具有良好的安全性和有效性，为肿瘤免疫治疗开辟了一个新纪元。
新抗原的鉴定
与TAA不同，TSA/新抗原是从肿瘤基因组的遗传改变中获得的突变肽，在肿瘤细胞中特异表达，在正常组织中不存在，因此显示出很高的肿瘤特异性并降低了非靶向*性。基于新抗原的个性化免疫疗法可以激发针对肿瘤细胞的强大的抗肿瘤免疫反应。
新抗原鉴定依赖于来自对肿瘤和正常组织的DNA和RNA样本的高通量测序数据。通过使用生物信息学方法分析全外显子组测序（WES）和mRNA转录组测序（RNASeq）数据，可以确定可能导致新抗原表位的DNA和RNA水平突变。
通常，非同义单核苷酸变异（SNV）和DNA插入或缺失是新抗原预测的主要来源。然而，仅仅
